「C」ドライブとか、「D」ドライブを、丸ごと外付けハードディスクにバックアップするのが私のおすすめです。
ルートフォルダからドライブ全体をバックアップしておくと、ツリー構造がそのままコピーされてバックアップされますので、下位のフォルダやファイルをバックアップするときにも、そのツリー構造を利用できます。
一度、バックアップしておくと、それ以降、パターンを作るときに、バックアップフォルダのツリー構造をそのまま参照できますので、設定が楽になるだけでなく、既存のデータがミラーリング対象になりますので、バックアップに要する時間とスペースを節約できます。
従来のバックアップソフトでは、たとえ、ハードディスクに余裕があっても、ドライブ全体のバックアップというのは時間がかかりすぎて、現実的ではありませんでした。
「Backup」のおかげで、こんなことが簡単にできてしまいます。